Archäologen glauben, dass die Art auf Flores mindestens bis vor 12.000 Jahren überlebt hat. Damit ist sie der am längsten lebende nichtmoderne Mensch. Sie lebte auch länger als die Neandertaler (H. neanderthalensis), die vor etwa 24.000 Jahren ausstarben.
Wegen einer tiefen benachbarten Meerenge blieb Flores während der letzten Eiszeit isoliert. Aus diesem Grund gehen die Entdecker von H. floresiensis davon aus, dass die Art bzw. ihre Vorfahren die isolierte Insel vor etwa 100.000 Jahren auf dem Wasserweg erreicht haben müssen (oder, falls es sich um H. erectus handelt, vor etwa 1 Million Jahren).
Die lokale Geologie legt nahe, dass ein Vulkanausbruch auf Flores vor etwa 12.000 Jahren für das Ende von H. floresiensis und der auf der Insel lebenden Tiere verantwortlich war. Zu dieser Zeit starb auch der Elefant Stegodon aus.
Geschichten des späteren Überlebens
Es gibt lokale Geschichten, dass eine kleine Rasse auf der Insel lebte. Die Ebu Gogo waren kleine, behaarte, spracharme Höhlenbewohner. Es wird gesagt, dass sie sich dort zur Zeit der Ankunft der ersten portugiesischen Schiffe im 16. Es wird behauptet, dass diese Kreaturen erst Ende des 19. Jahrhunderts existierten. Gerd van den Bergh, ein Paläontologe, der mit den Fossilien arbeitet, berichtete, dass er zehn Jahre vor dem Fossilfund von den Ebu Gogo gehört habe. Auf der nahe gelegenen Insel Sumatra gibt es Berichte über einen 1-1,5 m hohen Humanoiden, den Orang Pendek, der mit H. floresiensis verwandt sein könnte.