Medizinische Mikrobiologie, auch bekannt als '''klinische Mikrobiologie''', ist die Untersuchung von Mikroben wie Bakterien, Viren, Pilzen und Parasiten, die Krankheiten beim Menschen verursachen, sowie deren Rolle bei der Erkrankung.

Die Mikroben und der Zweig der Mikrobiologie sind aufgrund ihrer großen Bedeutung für die Medizin am meisten untersucht.

Die medizinische Mikrobiologie untersucht Entwicklung und Verlauf der Infektionskrankheit bei einem Patienten und in der menschlichen Bevölkerung (Epidemiologie). Sie steht im Zusammenhang mit dem Studium der Krankheitspathologie und Immunologie. Sie ist ein Zweig der Medizin und Mikrobiologie und umfasst fünf Wissenschaften: Bakteriologie, Virologie, Parasitologie, Immunologie und Mykologie.