Die X-Men wurden in den 1960er Jahren während einer Zeit der zivilen Unruhen in den Vereinigten Staaten geschaffen. Die Figuren erlaubten es dem Autor, Geschichten zu schreiben, die Rassismus und Bigotterie zeigten, ohne eine bestimmte Minderheit herauszustellen.
Indem sie die Mutanten so klassifizierten, wie sie es taten, schufen sie auch verschiedene Aspekte des Rassismus. Einige Mutanten sind leicht daran zu erkennen, wie sie aussehen (ähnlich wie Afroamerikaner). Einige haben einige wenige körperliche Merkmale, die sie auffallen lassen können (ähnlich wie Juden). Andere Mutanten fügen sich so gut ein, dass es fast unmöglich ist, sie als Mutanten zu erkennen, es sei denn, sie setzen ihre Kräfte ein (ähnlich wie Homosexuelle).
Im Marvel-Universum hassen und fürchten normale Menschen oft Mutanten. Das liegt daran, dass sie glauben, Mutanten könnten normale Menschen aussterben lassen. Sie fürchten das, was sie nicht verstehen. Sie sind eifersüchtig darauf, dass sie Supermächte haben. Bigotterie und Fremdenfeindlichkeit sind ebenfalls Gründe für den Hass auf Mutanten. Im Marvel-Universum hat das Anti-Mutanten-Gefühl zur Trennung der Mutanten von der Gesellschaft geführt. Es hat zu Gewalttätigkeiten des Pöbels und von der Regierung geförderten Versuchen, Mutanten zu bekämpfen, geführt.
Die X-Men-Bücher sind als typische Superhelden-Comics geschrieben worden. Sie erleben epische Abenteuer und Kämpfe mit Superschurken. Dennoch wird die Idee der Mutanten als Metapher für Minderheiten in der realen Welt, die Unterdrückung ausgesetzt sind, in der gesamten Serie gezeigt. Einige Beispiele:
- Magneto, ein jüdischer Holocaust-Überlebender, der einst in Israel lebte. Er hat versucht, einen "mutierten Heimatstaat" ähnlich wie Israel zu schaffen. Er wurde Herrscher von Genosha, einer fiktiven Insel vor der Küste Madagaskars, die von den Vereinten Nationen als mutierter Staat anerkannt wurde.
- Die in der Zukunft angesiedelte Geschichte von 1981, Days of Futures' Past, zeigt einen mutierten Holocaust. Mutanten werden in Konzentrationslager getrieben und getötet.
- Senator Robert Kelly hat ein Gesetz zur Registrierung von Mutanten vorgeschlagen. Es würde die Mutanten zwingen, ihre Befugnisse und Identitäten bei der Bundesregierung anzumelden. Dies ist dem McCarthyismus und anderen Gesetzen des Kongresses, die die Kommunistische Partei Amerikas verboten, sehr ähnlich.
- Die Anti-Mutanten-Hassgruppe Friends of Humanity wurde von den Aryan Nations inspiriert. Ihr Anführer wurde von Frank Collin, dem Vorsitzenden der Nationalsozialistischen (Nazi-)Partei Amerikas, inspiriert.
- Die meisten Mutationskräfte treten in der Pubertät in Kraft. Eine große Zahl junger Mutanten wird von ihren Familien abgelehnt. Dies ist ähnlich wie bei jungen Schwulen, die ihre Homosexualität im Teenageralter entdecken und die Ablehnung, die sie von ihrer Familie erfahren. Dies wird sehr offen im zweiten X-Men-Film mit der Zeile "Haben Sie jemals versucht, kein Mutant zu sein?
- Die Geschichte des Legacy Virus in den 1990er Jahren wurde als Metapher für die AIDS-Epidemie angesehen.