Lockes Vater, der ebenfalls John Locke hieß, war Rechtsanwalt auf dem Lande. Er hatte zu Beginn des
englischen Bürgerkriegs als Hauptmann gedient. Seine Mutter, Agnes Keene, war die Tochter eines
Gerbers und galt als sehr schön. Mutter und Vater waren beide
Puritaner. Locke wurde am 29. August 1632 in einem Cottage bei der Kirche in Wrington, Somerset, etwa zwölf Meilen von
Bristol entfernt, geboren. Er wurde bei seiner Geburt
getauft. Danach zog seine Familie bald nach Pensford.
1647 wurde Locke an die Westminster School in London geschickt. Während dieser Zeit wurde er von Alexander Popham, einem Mitglied des Parlaments, gefördert. Nachdem er seine Studien dort abgeschlossen hatte, ging er in die Christuskirche. Obwohl Locke ein guter Schüler war, gefiel ihm der Zeitplan der dort verbrachten Zeit nicht. Die klassischen Fächer, die an der Universität unterrichtet wurden, gefielen ihm nicht, und er wollte mehr über moderne Philosophie lernen. Durch seinen Freund Richard Lower, den er an der Schule kennen gelernt hatte, lernte Locke die Medizin kennen.
Locke erhielt 1656 einen Bachelor-Abschluss und 1658 einen Master-Abschluss. 1666 traf er Lord Anthony Ashley Cooper, der nach Oxford gekommen war, um sich wegen seiner Leberkrankheit behandeln zu lassen. Cooper war von Locke beeindruckt und bat ihn zu kommen.
Locke hatte nach einer Arbeitsstelle gesucht und zog 1667 in Shaftesburys Haus im Exeter House in London, um dort als Leibarzt von Lord Ashley zu dienen. In London setzte Locke sein Medizinstudium fort.
Lockes medizinisches Wissen wurde auf die Probe gestellt, als sich die Lebererkrankung von Shaftesbury verschlimmerte, bis Shaftesbury kurz vor dem Tod stand. Locke nutzte den Rat mehrerer Ärzte und überredete Shaftesbury, sich operieren zu lassen. Shaftesbury überlebte die Operation und dankte Locke dafür, dass er sein Leben gerettet hatte.
Shaftesbury hatte als Mitglied der Whig-Bewegung einen großen Einfluss auf Lockes politische Ideen. Nachdem Shaftesbury 1675 in Ungnade gefallen war, beschloss Locke jedoch, quer durch Frankreich zu reisen. Er kehrte 1679 nach England zurück. Zu dieser Zeit verfasste Locke aufgrund von Shaftesburys Beharrlichkeit die beiden Traktate der Regierung. Während man einst glaubte, dass Locke die Traktate zur Verteidigung der Glorreichen Revolution von 1688 verfasste, hat die jüngste Forschung gezeigt, dass das Werk bereits vor Beginn dieser Revolution entstanden ist.
Locke floh jedoch 1683 in die Niederlande. Der Grund dafür ist, dass man ihn verdächtigte, in den Rye House Plot zur Ermordung König Karls II. von England verwickelt zu sein. In den Niederlanden hatte Locke Zeit, zu seinem Schreiben zurückzukehren und verbrachte viel Zeit mit der Überarbeitung des Essays. Erst nach der Glorreichen Revolution kehrte Locke nach Hause zurück. Locke kam 1688 mit der Frau von Wilhelm von Oranien zurück nach England.
Lockes enge Freundin Lady Masham lud ihn ein, zu ihr in das Landhaus der Mashams in Essex zu kommen. Obwohl seine Zeit dort von wechselnder Gesundheit durch Asthmaanfälle geprägt war, wurde er dennoch ein intellektueller Held der Whigs. Während dieser Zeit diskutierte er mit Persönlichkeiten wie John Dryden und Isaac Newton.
Er starb am 28. Oktober 1704 und ist auf dem Kirchhof des Dorfes High Laver, östlich von Harlow in Essex, begraben, wo er seit 1691 im Haushalt von Sir Francis Masham lebte. Locke war weder verheiratet noch hatte er Kinder.
Zu den Ereignissen, die sich zu Lockes Lebzeiten ereigneten, gehören die englische Restauration, die Große Pest von London und der Große Brandvon London. Die Acts of Union 1707 sah er nicht ganz, obwohl die Throne von England und Schottland sein ganzes Leben lang in Personalunion gehalten wurden. Die konstitutionelle Monarchie und die parlamentarische Demokratie steckten zu Lockes Zeit noch in den Kinderschuhen.
