Die meisten Bereiche der Physik lassen sich zwischen theoretischer Arbeit und experimenteller Arbeit aufteilen, und die Atomphysik bildet da keine Ausnahme. In der Regel, aber nicht immer, ist es so, dass der Fortschritt in abwechselnden Zyklen von einer experimentellen Beobachtung bis zu einer theoretischen Erklärung verläuft, gefolgt von einigen Vorhersagen, die durch das Experiment bestätigt oder nicht bestätigt werden können, und so weiter. Natürlich kann der aktuelle Stand der Technik zu einem bestimmten Zeitpunkt Einschränkungen hinsichtlich dessen mit sich bringen, was experimentell und theoretisch erreicht werden kann, so dass es beträchtliche Zeit dauern kann, bis die Theorie verfeinert ist.
Einer der frühesten Schritte auf dem Weg zur Atomphysik war die Erkenntnis, dass die Materie aus Atomen zusammengesetzt ist, im modernen Sinne der Grundeinheit eines chemischen Elements. Diese Theorie wurde im 18. Jahrhundert von dem britischen Chemiker und Physiker John Dalton entwickelt. Zu diesem Zeitpunkt war noch nicht klar, was Atome sind, obwohl sie anhand ihrer Eigenschaften (in Masse) in einem Periodensystem beschrieben und klassifiziert werden konnten.
Der eigentliche Beginn der Atomphysik ist gekennzeichnet durch die Entdeckung der Spektrallinien und die Versuche zur Beschreibung des Phänomens, vor allem durch Joseph von Fraunhofer. Das Studium dieser Linien führte zum Bohrschen Atommodell und zur Geburt der Quantenmechanik. Bei dem Versuch, die Atomspektren zu erklären, wurde ein völlig neues mathematisches Modell der Materie enthüllt. Was die Atome und ihre Elektronenhüllen betrifft, so führte dies nicht nur zu einer besseren Gesamtbeschreibung, d.h. dem Atomorbitalmodell, sondern es lieferte auch eine neue theoretische Grundlage für die Chemie (Quantenchemie) und die Spektroskopie.
Seit dem Zweiten Weltkrieg haben sich sowohl die theoretischen als auch die experimentellen Bereiche in rasantem Tempo weiterentwickelt. Dies ist auf die Fortschritte in der Computertechnik zurückzuführen, die größere und ausgefeiltere Modelle der atomaren Struktur und der damit verbundenen Kollisionsprozesse ermöglicht hat. Ähnliche technologische Fortschritte bei Beschleunigern, Detektoren, der Erzeugung von Magnetfeldern und Lasern haben die experimentelle Arbeit sehr unterstützt.