Das Pandoravirus ist eine Gattung sehr großer Viren. Sie haben die größten Genome aller Virusgattungen. Wie die anderen großen Viren Mimivirus, Pithovirus und Megavirus infiziert das Pandoravirus Amöben. Sein Genom ist mit 1,9 bis 2,5 Megabasen DNA doppelt so groß wie das des Megavirus. Es unterscheidet sich im Aussehen und in der Genomstruktur stark von den anderen großen Viren.
Obwohl das Kapsid des Pithovirus 50% größer ist, besitzt das Pandoravirus das größte Genom aller Viren (2,5 Millionen Basenpaare).
Etwa 93% der Gene des Pandoravirus sind von keiner anderen Mikrobe bekannt. Dies veranlasste einige Wissenschaftler zu der Vermutung, dass das Virus zu einer "vierten Domäne" gehört, abgesehen von Bakterien, Archaeen und Eukaryoten. Viren als Ganzes werden nicht zu diesen drei Domänen gezählt, aber sie wurden in der Vergangenheit von einigen Biologen als eine Domäne vorgeschlagen.