Das babylonische Reich wurde schließlich durch Kyros den Großen von Persien beendet.
Es war 549 v. Chr., als Cyrus dem Imperium der Meder ein Ende setzte. Drei Jahre später war Cyrus König des achämenidischen Reiches (Persien) geworden und führte einen Feldzug in Nordmesopotamien.
539 v. Chr. fiel Cyrus in Babylonien ein. Im Monat Juni wurde bei Opis eine Schlacht geschlagen, in der die Babylonier besiegt wurden; unmittelbar danach ergab sich Sippara dem Eindringling. Zwei Tage nach der Einnahme von Sippara "drangen die Soldaten des Cyrus kampflos in Babylon ein". Cyrus traf erst am 3. März (Oktober) ein, nachdem Gobryas in seiner Abwesenheit für ihn gehandelt hatte. Gobryas wurde nun zum Gouverneur der Provinz Babylon ernannt.
Cyrus behauptete nun, der legitime Nachfolger der alten babylonischen Könige und der Rächer ihres Gottes Bel-Marduk zu sein. Die Invasion Babyloniens durch Cyrus wurde zweifelsohne durch die Anwesenheit ausländischer Zwangsexilanten wie der Juden, die in der Mitte des Landes gepflanzt worden waren, begünstigt.
Eine der ersten Handlungen des Cyrus war es, diesen Exilanten die Rückkehr in ihre eigenen Häuser zu ermöglichen, wobei sie die Bilder ihres Gottes und ihre heiligen Gefäße mit sich führten. Die Erlaubnis dazu wurde in einer Proklamation verkörpert, mit der der Eroberer versuchte, seinen Anspruch auf den babylonischen Thron zu rechtfertigen. Noch immer herrschte das Gefühl, dass niemand das Recht hatte, über Westasien zu herrschen, bevor er nicht von Bel und seinen Priestern in dieses Amt geweiht worden war; und dementsprechend nahm Cyrus fortan den Kaisertitel "König von Babylon" an.