Einzelplätze
1986 wurde die Formel 3000 in Japan eingeführt. Mugen baute zusammen mit Honda einen F3000-Motor. Er wurde in der Saison 1987 eingeführt und an 14 Teams vermietet. Im Jahr 1988 gewann Mugen vier der fünf ersten Plätze in der japanischen F3000-Meisterschaft. 1989 stieg Mugen mit dem MF308-Motor in den europäischen F3000 ein. Sie gewannen die Meisterschaft mit Jean Alesi auf einem Reynard. Im selben Jahr produzierte das Unternehmen seinen eigenen Prototyp eines 3,5-L-V8-Formel-1-Motors mit dem Codenamen MF350.
1988 begann Mugen damit, Honda-Motoren für den Einsatz in der Formel 3 zu tunen. Sie gewannen die japanische Serie mit Akihiko Nakaya und expandierten 1990 nach Europa. Mugen gewann seine ersten Formel-3-Meisterschaften in Europa. Mit Eric Hélary holten sie den französischen Titel und mit Mika Häkkinen die britische Krone. Außerdem gewannen sie 1991 mit Rubens Barrichello den Titel.
Formel Eins
1991 baute Mugen für Tyrrell Honda V10-Motoren. Im Jahr 1992 wurde der Motor in Mugen MF351H umbenannt. Der Motor wurde vom Footwork-Team in den Jahren 1992 und 1993 eingesetzt.
1994 wechselte Mugen mit dem neuen Lotus 109 zum Team Lotus. Das Team war unterfinanziert, und das 109er-Chassis kam verspätet an. Für den Wagen und seinen Motor gab es einen einzigen Punkt. Am Ende des Jahres schloss Lotus seine Pforten.
Mugen wechselte 1995 in die Ligier-Mannschaft. 1996 gewann Mugen sein erstes Formel-1-Rennen. Der 3,0-Liter-Motor mit dem Codenamen MF301H gewann 1996 den Großen Preis von Monaco mit Olivier Panis am Steuer.
Ligier wurde 1997 von Alain Prost übernommen und in Prost Grand Prix umbenannt. Als Prost 1998 Peugeot-Motoren wechselte, schloss Mugen mit dem Grand Prix von Jordanien ein Zweijahresabkommen. In der Saison 1998 wurde in Spa-Francorchamps mit Damon Hill und Ralf Schumacher ein 1:2-Erfolg erzielt.
1999 gewann Heinz-Harald Frentzen zweimal und Jorden beendete die Konstrukteursmeisterschaft auf dem dritten Platz. Im Jahr 2000 gab die Honda Motor Company bekannt, dass sie in die Formel 1 zurückkehren werde. Honda würde im Jahr 2000 seine eigenen Motoren an British American Racing liefern. Am Ende der Saison 2000 zog sich Mugen aus der Formel 1 zurück.
Sportwagen-Rennen
1998 stieg Mugen in den Sportwagensport ein. Sie bauten mehrere NSX-Rennwagen. Im Jahr 2000 wurde das Team Mugen/Dome Meister.
Im Jahr 2001 gewann der Mugen NSX in der JGTC zwei Rennen. Im Juni kündigte das Unternehmen den neuen 4.0 L V8 an. Der MF408S wurde für die Hauptprototypenklasse bei den 24 Stunden von Le Mans und der American Le Mans Series gebaut.