Die Dinoflagellaten sind eine große Gruppe von Flagellaten-Protisten. Etwa die Hälfte ist photosynthetisch, der Rest sind meist heterotrophe Raubtiere anderer Protisten. Diejenigen, die photosynthetisch sind, werden manchmal lose als "Algen" bezeichnet; die, die Raubtiere sind, werden manchmal lose als "Protozoen" bezeichnet.

Sie wurden von verschiedenen Autoren als eine Ordnung, eine Klasse und ein Stamm klassifiziert. Über ihre Beziehungen wird aktiv geforscht.

Bei den meisten handelt es sich um marines Plankton, aber sie sind auch in Süßwasserlebensräumen weit verbreitet. Ihre Populationen sind je nach Temperatur, Salzgehalt oder Tiefe verteilt. Die Gruppe umfasst viele Symbionten und biolumineszierende Arten.

Derzeit sind etwa 1.555 Arten freilebender mariner Dinoflagellaten beschrieben. Die neuesten Schätzungen gehen von insgesamt 2.294 lebenden Dinoflagellaten-Arten aus, zu denen Meeres-, Süßwasser- und parasitäre Dinoflagellaten gehören.