Zooxanthellen
Einige Dinoflagellaten sind Zooxanthellen: Endosymbionten von marinen Eukaryonten und Tieren wie Anthozoenkorallen. Diese riffbildenden Korallen hängen weitgehend von ihnen ab. Andere Organismen, die Zooxanthellen beherbergen können, sind Quallen, Muscheln, Foraminiferen, Seeschnecken, d.h. Nacktschnecken, aber auch Ciliaten und Radiolarien.
Rote Gezeiten
Dinoflagellaten sind für die "roten Gezeiten" verantwortlich, die Fische vergiften können. Sie blühen manchmal in Konzentrationen von mehr als einer Million Zellen pro Milliliter. Einige Arten produzieren Neurotoxine, die in solchen Mengen Fische töten und sich in Filterfuttermitteln wie Schalentieren ansammeln, die sie wiederum an Menschen weitergeben können, die sie essen. Dieses Phänomen wird als rote Flut bezeichnet, von der Farbe her, die die Blüte dem Wasser verleiht. Nicht alle Dinoflagellatenblüten sind gefährlich. Bläuliches Flackern, das nachts im Meerwasser sichtbar ist, kommt oft von Blüten biolumineszierender Dinoflagellaten, die bei Störungen kurze Lichtblitze aussenden.
Klassifikation
Obwohl als Eukaryonten klassifiziert, fehlen den Dinoflagellatenkernen einige Schlüsselmerkmale eukaryontischer Kerne. Tatsächlich bezeichnete Dodge den Dinoflagellatenkern als mesokaryotisch, da er Zwischenmerkmale zwischen den gewundenen DNA-Bereichen der prokaryotischen Bakterien und dem klar definierten eukaryotischen Kern aufweist. Diese Gruppe enthält jedoch typisch eukaryotische Organellen, wie z.B. Golgi-Komplexe, Mitochondrien und Chloroplasten.
Die Gruppe enthält viele komplexe Organellen und Lebensstile. Einige haben Strukturen, die den Augen von Wirbeltieren ähneln; einige haben Nematozysten; einige leben als Plasmodien (mehrkernige Formen); einige haben zwei Geißeln; photosynthetische Dinoflagellaten enthalten eine "verwirrende Vielfalt" von Plastidentypen; und ihre gesamte Genetik und Zellbiologie ist exzentrisch.
Fossilien
Fossile Dinoflagellaten sind wichtig für die Stratigraphie, die Datierung und die Korrelation von Schichten. Während ihres Lebens haben Dinoflagellaten eine mobile planktonische Form und eine resistente Zystenphase, die es ihnen ermöglicht, den Winter im Sediment zu überleben. Nur die Zyste wird fossilisiert. Ihr erstes sicheres Auftreten ist in der Silurperiode, mit einer grossen Strahlung im Mesozoikum. p440 Sie werden von Margulis und Kollegen als Phylum Dinomastigota klassifiziert.