Erste Runde
| Mannschaft #1 | Agg. | Mannschaft #2 | 1. Etappe | 2. Spielabschnitt |
| Flora  | 2–3 | Lincoln Rote Kobolde | 2–1 | 0–2 |
| Die neuen Heiligen .svg.png) | 5–1 | Tre Penne | 2–1 | 0–2 |
| Valletta  | 2–2(a) | B36 Tórshavn | 1–0 | 1–2 |
| Santa Coloma  | 0–3 | Alashkert | 0–0 | 0–3 |
Zweite Runde
| Mannschaft #1 | Agg. | Mannschaft #2 | 1. Etappe | 2. Spielabschnitt |
| Qarabağ  | 3–1 | F91 Dudelange | 2–0 | 1–1 |
| Hapoel Be'er Sheva  | 3–2 | Sheriff Tiraspol | 3–2 | 0–0 |
| Olimpija Ljubljana  | 6–6(a) | Trenčín | 3–4 | 3–2 |
| Red Bull Salzburg  | 3–0 | Liepāja | 1–0 | 2–0 |
| Vardar  | 3–5 | Dinamo Zagreb | 1–2 | 2–3 |
| Die neuen Heiligen .svg.png) | 0–3 | APOEL | 0–0 | 0–3 |
| Zrinjski Mostar  | 1–3 | Legia Warschau | 1–1 | 0–2 |
| Ludogorets Rasgrad  | 5–0 | Mladost Podgorica | 2–0 | 3–0 |
| Dinamo Tiflis  | 3–1 | Alashkert | 2–0 | 1–1 |
| Žalgiris  | 1–2 | Astana | 0–0 | 1–2 |
| Partizani Tirana  | 2–2(3–1p) | Ferencvárosi | 1–1 | 1-1(aet) |
| BATE Borisov  | 4–2 | SJK Seinäjoki | 2–0 | 2–2 |
| Valletta  | 2–4 | Roter Stern Belgrad | 1–2 | 1–2 |
| Rosenborg  | 5–4 | IFK Norrköping | 3–1 | 2–3 |
| Dundalk  | 3–3(a) | FH | 1–1 | 2–2 |
| Lincoln Rote Kobolde  | 1–3 | Keltisch | 1–0 | 0–3 |
| Kreuzritter  | 0–9 | Kopenhagen | 0–3 | 0–6 |
Dritte Runde
Die unterlegenen Mannschaften sowohl auf der Meister- als auch auf der Ligaleitung gehen in die Playoff-Runde der UEFA Europa League 2016-17.
Route der Champions:
Die Meisterroute ist nur für Mannschaften, die die Liga ihres Landes gewonnen haben.
| Mannschaft #1 | Agg. | Mannschaft #2 | 1. Etappe | 2. Spielabschnitt |
| Rosenborg  | 2–4 | APOEL | 2–1 | 0–3 |
| Dinamo Zagreb  | 3–0 | Dinamo Tiflis | 2–0 | 1–0 |
| Olympiakos  | 0–1 | Hapoel Be'er Sheva | 0–0 | 0–1 |
| Astana  | 2–3 | Keltisch | 1–1 | 1–2 |
| Trenčín  | 0–1 | Legia Warschau | 0–1 | 0–0 |
| Viktoria Plzeň  | 1–1(a) | Qarabağ | 0–0 | 1–1 |
| Astra Giurgiu  | 1–4 | Kopenhagen | 1–1 | 0–3 |
| BATE Borisov  | 1–3 | Dundalk | 1–0 | 0–3 |
| Ludogorets Rasgrad  | 6–4 | Roter Stern Belgrad | 2–2 | 4-2(aet) |
| Partizani Tirana  | 0–3 | Red Bull Salzburg | 0–1 | 0–2 |
Liga-Route:
Der Ligaweg ist nur für Mannschaften, die die Liga ihres Landes nicht gewonnen haben.
| Mannschaft #1 | Agg. | Mannschaft #2 | 1. Etappe | 2. Spielabschnitt |
| Ajax  | 3–2 | PAOK | 1–1 | 2–1 |
| Sparta Prag  | 1–3 | Steaua Bucuresti | 1–1 | 0–2 |
| Shakhtar Donetsk  | 2–2 (2–4p) | Junge Jungen | 2–0 | 0-2(aet) |
| Rostow  | 4–2 | Anderlecht | 2–2 | 2–0 |
| Fenerbahçe  | 3–4 | Monaco | 2–1 | 1–3 |
Play-off-Runde
Die Auslosung für die Playoff-Runde fand am 5. August 2016 statt. Die Hinspiele werden am 16. und 17. August und die Rückspiele am 23. und 24. August 2016 ausgelost.
Route der Champions
Die Meisterroute ist nur für Mannschaften, die die Liga ihres Landes gewonnen haben.
| Mannschaft #1 | Agg. | Mannschaft #2 | 1. Etappe | 2. Spielabschnitt |
| Ludogorets Rasgrad  | 4–2 | Viktoria Plzeň | 2–0 | 2–2 |
| Keltisch  | 5–4 | Hapoel Be'er Sheva | 5–2 | 0–2 |
| Kopenhagen  | 2–1 | APOEL | 1–0 | 1–1 |
| Dundalk  | 1–3 | Legia Warschau | 0–2 | 1–1 |
| Dinamo Zagreb  | 3–2 | Red Bull Salzburg | 1–1 | 2-1(aet) |
Liga-Route
Der Ligaweg ist nur für Mannschaften, die die Liga ihres Landes nicht gewonnen haben.
| Mannschaft #1 | Agg. | Mannschaft #2 | 1. Etappe | 2. Spielabschnitt |
| Steaua Bucuresti  | 0–6 | Stadt Manchester | 0–5 | 0–1 |
| Porto  | 4–1 | Roma | 1–1 | 3–0 |
| Ajax  | v. | Rostow | 1–1 | 1–4 |
| Junge Jungen  | 2–9 | Borussia Mönchengladbach | 1–3 | 1–6 |
| Villarreal  | 1–3 | Monaco | 1–2 | 0–1 |