Im April 1861 brach der amerikanische Bürgerkrieg aus. Carson gab seinen Job als indischer Agent auf und trat der Unionsarmee bei. Er wurde zum Leutnant ernannt. Er führte die 1. Freiwillige Infanterie von New Mexico an. Er bildete die neuen Männer aus. Im Oktober 1861 wurde er zum Oberst ernannt. Die Freiwilligen kämpften im Februar 1862 bei Valverde, New Mexico, gegen die konföderierten Streitkräfte. Die Konföderierten gewannen diese Schlacht, wurden aber später besiegt.
Kampagne gegen die Apachen
Nachdem die Konföderierten aus New Mexico vertrieben worden waren, richtete Carsons Kommandeur Major James Henry Carleton seine Aufmerksamkeit auf die amerikanischen Ureinwohner. Der Historiker Edwin Sabin schreibt, dieser Offizier habe einen "psychopathischen Hass auf die Apachen" gehabt. Carleton führte seine Truppen tief in das Gebiet der Mescalero-Apachen. Die Mescaleros waren des Kämpfens müde und stellten sich unter Carsons Schutz. Carleton brachte diese Apachen in ein abgelegenes und einsames Reservat östlich des Pecos-Flusses.
Carson mochte die Apachen nicht. Er schrieb in einem Bericht, dass die Jicarilla-Apachen "wirklich die entwürdigtesten und lästigsten Indianer waren, die wir in unserer Abteilung haben ... [W]ir werden täglich Zeuge, wie sie im Rausch auf unserem Platz sind." Carson unterstützte die Pläne Carletons halbherzig. Er war müde. Er hatte zwei Jahre zuvor eine Verletzung erlitten, die ihm große Schwierigkeiten bereitete. Im Februar 1863 trat er im Februar 1863 aus der Armee aus. Carleton weigerte sich, den Rücktritt anzunehmen, weil er wollte, dass Carson einen Feldzug gegen die Navajo führt.
Kampagne gegen die Navajos
Carleton hatte sich für sein Reservat einen trostlosen Ort am Fluss Pecos ausgesucht. Dieses Reservat hieß Bosque Redondo (Runder Hain). Er wählte diesen Ort für die Apachen und Navajos, weil er weit entfernt von weißen Siedlungen lag. Er wollte auch, dass diese Apachen und Navajo als Puffer für alle aggressiven Handlungen dienen, die an den weißen Siedlungen von Kiowas und Komantschen östlich von Bosque Redondo begangen werden. Er war auch der Meinung, dass die Abgeschiedenheit und Verwüstung des Reservats die Weißen davon abhalten würde, sich dort niederzulassen.
Die Mescalero-Apachen liefen 130 Meilen zum Reservat. Bis März 1863 hatten sich vierhundert Apachen in der Nähe von Fort Sumner niedergelassen. Andere waren nach Westen geflohen, um sich flüchtigen Gruppen von Apachen anzuschließen. Im Hochsommer pflanzten viele dieser Menschen Getreide an und verrichteten andere Farmarbeiten.
Am 7. Juli begann Carson, mit wenig Herz für die Navajo-Razzia, die Kampagne gegen den Stamm. Seine Befehle waren fast die gleichen wie bei der Apachen-Razzia: Er sollte alle Männer vor Ort erschießen und die Frauen und Kinder gefangen nehmen. Es sollten keine Friedensverträge geschlossen werden, bevor sich nicht alle Navajo im Reservat befanden.
Carson suchte weit und breit nach den Navajo. Er fand ihre Häuser, Felder, Tiere und Obstgärten, aber die Navajo waren Experten darin, schnell zu verschwinden und sich in ihrem riesigen Land zu verstecken. Das Zusammentreiben der Navajo war für Carson eine große Frustration. Er war in seinen 50er Jahren, müde und krank. Im Herbst 1863 begann Carson damit, die Häuser und Felder der Navajo niederzubrennen und ihre Tiere aus dem Gebiet zu entfernen. Die Navaho würden verhungern, wenn diese Zerstörung weiterging. Einhundertachtundachtzig Navajo ergaben sich. Sie wurden nach Bosque Redondo geschickt. Das Leben in Bosque Redondo war düster geworden. Es gab Morde. Die Apachen und Navajos kämpften. Das Wasser in den Pecos enthielt Mineralien, die den Menschen Krämpfe und Magenschmerzen bereiteten. Die Bewohner mussten etwa zwölf Meilen zu Fuß gehen, um Feuerholz zu finden.
Schlucht von Chelly
Carson wollte eine Winterpause von der Kampagne einlegen. Major Carleton lehnte ab. Kit wurde befohlen, in den Canyon de Chelly einzudringen. Hier hatten viele Navajos Zuflucht gesucht. Der Historiker David Roberts schreibt: "Carsons Fegung durch den Canyon de Chelly im Winter 1863-1864 würde sich als die entscheidende Aktion der Kampagne erweisen".
Der Canyon de Chelly war ein heiliger Ort für die Navajo. Sie glaubten, dass er nun ihr stärkstes Heiligtum sein würde. Dreihundert Navajo suchten am Rand des Canyons Zuflucht an einem Ort namens Fortress Rock. Sie wehrten sich gegen die Invasion Carsons, indem sie Strickleitern und Brücken bauten, Wassertöpfe in einen Bach absenkten und sich unsichtbar machten. Diese dreihundert Navajo überlebten die Invasion. Im Januar 1864 fegte Carson mit seinen Truppen durch den 35 Meilen langen Canyon. Er fällte die Tausende von Pfirsichbäumen im Canyon. Nur wenige Navajo wurden getötet oder gefangen genommen. Carsons Invasion bewies den Navajo jedoch, dass der weiße Mann jederzeit in ihr Land eindringen konnte. Viele Navajo ergaben sich in Fort Canby.
Im März 1864 gab es in Fort Canby 3.000 Flüchtlinge. Weitere 5.000 kamen in das Lager. Sie litten unter der starken Kälte und dem Hunger. Carson bat um Vorräte, um sie zu ernähren und zu kleiden. Die Tausende von Navajo wurden nach Bosque Redondo geführt. Viele starben auf dem Weg dorthin. Nachzügler in den hinteren Reihen wurden erschossen und getötet. In der Geschichte der Navajo ist dieser schreckliche Treck als "Der lange Weg" bekannt. Bereits 1866 wurde berichtet, dass Bosque Redondo ein völliger Fehlschlag war. Major Carleton wurde gefeuert. Der Kongress begann mit Untersuchungen. 1868 wurde ein Vertrag unterzeichnet, und die Navajo durften in ihr Heimatland zurückkehren. Bosque Redondo wurde geschlossen.
Erste Schlacht um die Adobe-Mauern
Am 25. November 1864 führte Carson seine Streitkräfte gegen die südwestlichen Stämme bei der ersten Schlacht von Adobe Walls im Pfannenstiel von Texas an. Adobe Walls war ein verlassener Handelsposten, der von seinen Bewohnern gesprengt wurde, um eine Übernahme durch feindliche Indianer zu verhindern. Die Kämpfer in der ersten Schlacht waren die Armee der Vereinigten Staaten und Massen von Kiowas, Komantschen und Plains-Apaches. Es war eines der größten Gefechte, das auf der Great Plains gekämpft wurde. Die Texas State Library and Archives Commission schreibt: "Das Ergebnis der Adobe Walls war eine vernichtende geistige Niederlage für die Indianer. Es veranlasste auch das US-Militär, seine letzten Maßnahmen zu ergreifen, um die Indianer ein für alle Mal zu vernichten. Innerhalb eines Jahres würde der lange Krieg zwischen Weißen und Indianern in Texas sein Ende finden".
Die Schlacht war das Ergebnis der Überzeugung von General Carleton, dass die Ureinwohner Amerikas für die anhaltenden Angriffe auf weiße Siedler entlang des Santa Fe Trails verantwortlich waren. Er wollte diese Diebe und Mörder bestrafen und brachte dafür Carson ins Spiel. Da der größte Teil der Armee während des amerikanischen Bürgerkriegs anderswo im Einsatz war, war der Schutz, den die Siedler suchten, so gut wie nicht vorhanden. Sie bettelten um Hilfe. Carson führte 260 Kavalleristen, 75 Infanteristen und 72 Scouts der Ute und Jicarilla Apache Army an. Darüber hinaus hatte er zwei Berghaubitzenkanonen.
Am Morgen des 25. November entdeckte Carson ein Dorf in Kiowa mit 176 Hütten und griff es an. Nach der Zerstörung zog er weiter zu Adobe Walls. Carson fand weitere Komantschendörfer in der Gegend und erkannte, dass er es mit einer sehr großen Streitmacht von Indianern zu tun haben würde. Ein Hauptmann Pettis schätzte, dass sich 1.200 bis 1.400 Komantschen und Kiowa zu versammeln begannen. Die Zahl würde auf möglicherweise 3.000 anwachsen. Es folgten vier bis fünf Stunden Kampf. Als Carson die Munition und die Haubitzengranaten ausgingen, befahl er seinen Männern, sich in ein nahe gelegenes Dorf der Kiowa zurückzuziehen. Dort verbrannten sie das Dorf und viele feine Büffelgewänder. Seine indianischen Späher töteten und verstümmelten vier ältere und schwache Kiowas. Dann begann der Rückzug nach New Mexico. Es gab nur wenige Tote unter Carsons Männern. General Carleton schrieb an Carson: "Diese brillante Affäre fügt dem Lorbeerkranz, den Sie so edel im Dienste Ihres Landes gewonnen haben, ein weiteres grünes Blatt hinzu." Die Schlacht wird von einigen als Carsons schönster Moment angesehen und gilt als einer der Faktoren, die die Kiowas und Komantschen 1865 veranlassten, um Frieden zu klagen.
"Werfen Sie ein paar Granaten in die Menge dort drüben."
Kit Carson an Artillerieoffizier Leutnant Pettis
Einige von denen, die die Schlacht studiert haben, glauben, dass Carson Recht hatte, als er seinen Truppen den Rückzug befahl. Nur ein einziger Comanchen-Skalp wurde Berichten zufolge von Carsons Soldaten genommen. Die erste Schlacht bei Adobe Walls wäre das letzte Mal, dass die Komantschen und Kiowa die amerikanischen Truppen zum Rückzug aus der Schlacht zwangen. Adobe Walls markierte den Beginn des Endes der Stämme der Ebenen und ihrer Lebensweise.
Ein Jahrzehnt später, am 27. Juni 1874, fand die zweite Schlacht um die Adobe-Mauern statt, in der 250 bis 700 Komantschen und eine Gruppe von 28 Jägern die Adobe-Mauern verteidigten. Nach einer viertägigen Belagerung zogen sich die Hunderte von Indianern zurück. Die zweite Schlacht führte zum Red-River-Krieg von 1874-1875, einem Krieg, der die endgültige Umsiedlung der Indianer der Southern Plains in Reservate in Oklahoma zur Folge hatte.