Frühe Herrschaft
William entschied sich dafür, zu Weihnachten gekrönt zu werden. Dies geschah zum Teil deshalb, weil er dachte, dass die Engländer an diesem hohen Festtag weniger wahrscheinlich einen Aufstand anzetteln würden. Es war auch deshalb eine gute Wahl, weil er glaubte, es sei Gottes Wille, dass er König wird. Nun verbrachte der König, William, einige Monate in England. Dann kehrte er in die Normandie zurück und ließ England in den Händen zweier fähiger Männer zurück. Dies waren sein Halbbruder Odo, der Bischof von Bayeux und William FitzOsbern. Odo wurde zum Earl of Kent ernannt, während FitzOsbern zum Earl of Hereford wurde. Die übrigen drei englischen Grafen blieben im Amt. Als William mit ihm in die Normandie zurücksegelte, waren viele seiner Gefolgsleute dabei. Viele seiner Soldaten, die bezahlt worden waren, und andere, über die er den Überblick behalten wollte. Dies waren insbesondere der englische Erzbischof Stigand und Edgar Atheling. Er brachte auch seine verbliebenen drei englischen Grafen, Edwin, Morcar und Waltheof, mit. Dies geschah, damit keiner von ihnen einen Aufstand anzetteln konnte, während er fort war. William hatte seine Pflichten zu Hause zu erledigen. Auch viele seiner Soldaten mussten zurückkommen, um das Herzogtum in Sicherheit zu bringen.
Als William im Dezember 1067 nach London zurückkehrte, begann er herauszufinden, welche Probleme sich während seiner Abwesenheit ergeben hatten. Hertfordshire war von Mercians überfallen worden. Exeter hatte damals die Herrschaft des neuen Königs nicht akzeptiert. William sammelte Geld aus allen Teilen Englands, die zahlen würden. Er forderte auch englische Abgaben. Exeter kapitulierte, nachdem eine seiner Geiseln erblindet war. Nachdem er Devon und Cornwall unterworfen hatte, schienen alle ruhig zu sein. In Winchester schickte William nach seiner Frau Matilda, die dort zu Pfingsten zur Königin von England gekrönt wurde.
Bis zum Sommer waren weitere Rebellionen ausgebrochen. Zur gleichen Zeit flohen andere aus England. Edgar Atheling reiste zusammen mit seiner Mutter und seinen Schwestern nach Schottland, wo sie willkommen geheißen wurden. Im Norden versammelten sich starke antinormannische Gruppen um York. Earl Edwin und sein Bruder Morcar verließen Williams Hof und schlossen sich den Rebellen im Norden an. William errichtete daraufhin eine Burg in Warwick. Dies veranlasste die Earls und andere, William nachzugeben. Andere Schlösser folgten. William betrat dann York, wo andere zu ihm kamen und sich unterwarfen. Er verhandelte dann mit dem König von Schottland, um jegliche Invasionen aus dem Norden Englands zu verhindern. Aber sein Feldzug im Norden war nicht so effektiv, wie er dachte. Im Jahr 1069 entwickelte sich ein zweiter Aufstand zu einem Krieg. Die Männer, die William das Kommando überlassen hatte, waren getötet worden. Eine kleine normannische Truppe hielt in York aus, als William ihnen zu Hilfe kam. Nach dem Bau eines weiteren Schlosses überließ William dem Grafen William FitzOsbern das Kommando. Während der nächsten fünf Monate war es im Norden ruhig. Aber die nordenglischen Führer hatten König Swein in Dänemark benachrichtigt und ihm die Krone angeboten, wenn er die Normannen besiegen könnte. Swein schickte eine dänische Flotte nach England.
Im Sommer 1069 tauchte die dänische Flotte vor der Küste von Kent auf. Sie zog die Küste in Richtung Norden hinauf und plünderte auf ihrem Weg. William und seine Armee befanden sich im Süden und schützten sich vor allen Einfällen. Schließlich schloss sich die Flotte den englischen Rebellen an den Ufern des Flusses Humber an. Die verbliebenen englischen Earls desertierten alle von William und schlossen sich den vereinigten englisch-dänischen Streitkräften an. Sie zogen gegen die normannische Garnison in York und töteten alle bis auf einige wenige Frauen und Kinder. William Malet, ein Normanne, der vor 1066 in England gelebt hatte, wurde ebenfalls verschont.
Plünderung des Nordens
Williams Armee im Norden wurde ausgelöscht und York lag in Trümmern. Zur gleichen Zeit brachen kleinere Aufstände in Wales und Südwestengland aus. William wusste, dass er in Schwierigkeiten steckte. Er begann, indem er alle seine Kommandeure und Truppen dazu aufrief, seine Kräfte zu vereinen. Der König wusste, dass er es mit einer kleineren Armee jeweils mit einer Gruppe von Rebellen zu tun hatte. Er schickte William FitzOsbern und Brian von der Bretagne, um mit Exeter fertig zu werden. William selbst kämpfte gegen eine Armee, die aus dem Osten heranrückte. In beiden Fällen waren die normannischen Armeen siegreich. Er zog nun auf die nördlichen Armeen zu, die York zerstört hatten. Aber es gelang ihm nicht, weiter nach Norden als Pontefract vorzudringen. Nach mehrwöchigen Versuchen bestach William die dänische Flotte, sich für den Winter aus York zurückzuziehen. Sie stimmten zu und kehrten zur Mündung des Humber zurück, um dort zu überwintern. William war nun in der Lage, nach York aufzusteigen. Dort baute er die Schlösser wieder auf. Dann ließ er seine Streitkräfte ausbreiten und alles zerstören, was der englischen und dänischen Armee zur Selbstversorgung diente. Die Folge war eine weit verbreitete Hungersnot, und die Menschen in der Gegend zogen entweder weg oder verhungerten. Dies war Williams berüchtigte Plage für den Norden. Das Ergebnis von all dem war die Kapitulation seiner englischen Grafen und der meisten Rebellen in England. Die wenigen verbliebenen Gruppen wurden schnell von Williams Armee zerschlagen. Aber eine Gruppe erwies sich als hartnäckiger. Dies war bei Chester, und nach einem Gewaltmarsch im Winter überraschte William sie, bevor sie bereit waren. Nach ihrer Kapitulation baute er dort zwei weitere Burgen und kehrte dann nach Winchester zurück.
England und Normandie regieren
William musste nie wieder eine Grafschaft verwüsten, wie er es in Yorkshire tat. Er hatte sich mit den Hauptbedrohungen für seine Herrschaft auseinandergesetzt, aber einige waren nur zum Teil gelöst worden. Die dänische Flotte kam 1070 zurück, diesmal unter der Führung von König Swen. Sie schloss sich einer kleinen Gruppe von Rebellen auf der Isle of Ely an, die von Hereward the Wake angeführt wurde. Wieder bestach William die Dänen, damit sie die Insel verließen, und setzte sich dann mit den Rebellen auseinander. Von Hereward wurde nie wieder etwas gehört.
William musste nun sowohl in England als auch in der Normandie regieren. Er fand, dass er anwesend sein musste, um die Dinge unter Kontrolle zu halten. Als er in der Normandie war, brachen in England oft Schwierigkeiten aus. Als er in England war, wurde die Normandie jedoch von seiner Frau Matilda regiert. Aber Fulk Rechin, der neue Graf der Anjou, hatte Maine der Kontrolle Williams entzogen. William musste es 1073 zurückerobern.
Im Jahre 1082 verhaftete William seinen Halbbruder Odo, Bischof von Bayeux und Graf von Kent. Die Gründe dafür sind ungewiss, aber Odo versuchte, eine Armee aufzustellen, die gegen Rom marschieren sollte. Sein Plan war es, der nächste Papst zu werden. William stellte ihn auf der Isle of Wight vor Gericht. Neben anderen Verbrechen wurde er auch angeklagt, weil er versucht hatte, eine Armee unter Williams Soldaten aufzustellen. Wie William ausführte, wurden sie für die Verteidigung Englands benötigt. Odo protestierte, dass nicht einmal ein König ihn verurteilen könne. Als Bischof könne nur der Papst urteilen. William antwortete, dass er keinen Bischof ergreife, sondern seinen Grafen, dem er während seiner Abwesenheit die Verantwortung überließ. Odo war für den Rest seines Lebens in der Normandie inhaftiert.
1083 starb Königin Mathilde und wurde in Caen beigesetzt. Die beiden hatten sich sehr nahe gestanden und waren sich nur über ihren Sohn Robert Curthose uneins. Robert hatte sich wiederholt gegen seinen Vater aufgelehnt, blieb aber in Kontakt mit seiner Mutter. Dies führte zu einer Spaltung zwischen den beiden. Philipp I. von Frankreich hatte es für seinen Vasallen schwer gehabt, ein König wie er selbst zu werden, und nahm es ihm deshalb übel. Da er nicht stark genug war, um William selbst zu bekämpfen, half ihm König Philipp, als Robert Curthose gegen seinen Vater rebellierte.
Im Sommer 1085 erfuhr William, dass Canute IV. von Dänemark eine Flotte bereitmachte, die gegen England auslaufen sollte. William kam im Herbst mit vielen Soldaten nach England zurück. Er musste sie bezahlen und ernähren, was sehr teuer war. Vielleicht erkannte er zu dieser Zeit, dass er keine Aufzeichnungen darüber hatte, was man ihm als König schuldete. Er wusste nicht, ob er alle fälligen Steuern eintreiben würde.
Domesday Book
An seinem Weihnachtshof in Gloucester im Jahre 1085 bat William darum, dass eine große Umfrage in jedem Teil Englands durchgeführt werden sollte. Der König wollte wissen, wie viele Menschen in seinem [Königreich] [Reich] lebten. Er wollte wissen, wie groß jeder Besitz war, was jeder einzelne wert war und wie viel Einkommen er einbrachte. Eine solche Erhebung war in England noch nie zuvor durchgeführt worden. Sie war einzigartig in ihren Details und ihrem Beitrag zur englischen Geschichte. Das Domesday Book war die erste öffentliche Aufzeichnung in England.
Der Text des Buches passt in zwei Bände. Der erste umfasste einunddreißig Landkreise. Wegen seiner Größe wurde es 'Great Domesday' genannt. Der zweite Band umfasste die Grafschaften Essex, Norfolk und Suffolk und wurde 'Little Domesday' genannt. Die Fakten wurden von mehreren Gremien, die sich aus Bischöfen und Grafen zusammensetzten, festgehalten. Jedes Gremium sammelte Informationen über mehrere Grafschaften. William wurde am 1. August 1086 eine große Sammlung schriftlicher Aufzeichnungen vorgelegt. Diese wurde zum "Domesday Book", obwohl sie fast ein weiteres Jahrhundert lang nicht mehr in Bücher eingebunden werden sollte.
Letzte Jahre
William starb während seines Aufenthalts in Rouen, Frankreich, an den Verletzungen, die er sich bei einem Sturz von einem Pferd, das er besaß, zugezogen hatte.