1936 versucht Indiana Jones, das goldene Idol im Dschungel von Peru zu finden. Sein Führer, Sapito, verrät ihn und versucht, das Idol für sich zu gewinnen, wird aber in einer der Fallen getötet. Nachdem Jones aus dem Tempel herauskommt, findet er seinen Rivalen Belloq und ein Dutzend der Eingeborenen mit Speeren in der Hand. Jones gibt das Idol auf und rennt zu seinem Flugzeug.
Während er am Marshall College lehrt, kommt die U.S. Army auf ihn zu und sagt, dass die Nazis versuchen, die Bundeslade zu finden. Jones will sie zuerst finden, also geht er in eine Bar in Nepal. Sein alter Lehrer, Abner Ravenwood, versuchte, die Bundeslade zu finden und hat das Kopfstück zum Stab des Ra, ein wichtiges Stück, das man braucht, um sie zu finden. Seine Tochter Marion leitet jetzt Abner's Bar und sie schlägt ihm ins Gesicht, weil sie eine Romanze hatten und er weggelaufen ist. Sie kommt jedoch mit ihm, nachdem die Nazi-Person Toht und seine Freunde versuchen, das Stück selbst zu bekommen.
Jones und Ravenwood fliegen nach Kairo und rekrutieren einen Mann namens Sallah, der ihm aushilft. Sie fangen an, in dem Gebiet zu graben, in dem sie glauben, dass es liegt. Die Nazis nehmen Ravenwood gefangen und lassen Jones glauben, dass sie tot ist. Sallah und Jones machen einige Berechnungen und stellen fest, dass die Nazis im falschen Gebiet graben, weil ihr Personal zu lang ist. Jones findet die richtige Stelle und beginnt zu graben. Er findet sie an einem Ort, der Brunnen der Seelen genannt wird. Belloq kommt jedoch zurück, hebt die Arche hoch und wirft Ravenwood hinein. Sie entkommen.
Nach einer Schlacht bekommt Jones die Arche zurück. Sallah legt sie auf ein Schiff, aber die Nazis auf einem U-Boot fangen das Schiff ab und durchsuchen es. Jones entkommt. Dann nimmt er eine große Waffe namens Panzerschreck und droht damit, die Arche in die Luft zu sprengen, während sie auf eine Insel geladen wird. Belloq lässt Jones bluffen, und Jones senkt seine Waffe. Er und Marion sind dann gefesselt, als Belloq und die Nazis die Macht der Arche testen, indem sie sie öffnen. Die Geister darin töten alle. Jones und Marion schließen ihre Augen und entkommen dem Zorn der Geister.
Am Ende des Films stellt die Regierung die Arche in ein Lagerhaus. Die Armee sagt Jones, dass sie sie untersuchen, aber Jones glaubt ihnen nicht. Marion versucht ihn zu trösten, indem sie sagt, dass sie ihm einen Drink spendieren wird.
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