Die frühesten bekannten Hominin-Fossilien von den Philippinen stammen vom Homo luzonensis, einer ausgestorbenen Spezies des archaischen Menschen der Gattung
Homo. Sie sind etwa 67.000 Jahre alt.
Es wurden menschliche Fossilien gefunden, die beweisen, dass der moderne Homo sapiens seit Tausenden von Jahren auf den Philippinen siedelte. Die Negritos durchquerten prähistorisches Land oder Eis, um sich auf dem Land der Inseln niederzulassen. Viele Gruppen von Austronesiern begannen im ersten Jahrtausend auf die Philippinen zu kommen und drängten die Ureinwohner ins Landesinnere oder nahmen sie vielleicht durch Mischehen auf.
Chinesische Kaufleute kamen im 8. Jahrhundert. Der Aufstieg mächtiger buddhistischer Königreiche ermöglichte den Handel mit dem indonesischen Archipel, Indien, Japan und Südostasien. Fraktionelle Kämpfe zwischen den Königreichen Südostasiens schwächten ihre Stärke. In der Zwischenzeit brachte die Ausbreitung des Islam durch Handel und Proselytismus, ähnlich wie das Christentum, Händler und Missionare in die Region; die Araber betraten Mindanao im 14. Als die ersten Europäer, angeführt von Ferdinand Magellan im Jahr 1521, ankamen, gab es bis in den Norden Manilas Rajahs, die historisch gesehen Nebenflüsse der Königreiche Südostasiens waren. Die Inseln waren jedoch im Wesentlichen Selbstversorger und Selbstherrscher.
Die Spanier unter der Führung des Eroberers Miguel Lopez de Legazpi beanspruchten und kolonisierten die Inseln im 16. Jahrhundert und nannten sie nach König Philipp II. von Spanien Filipinas. Der römische Katholizismus wurde sofort eingeführt. Die Philippinen wurden von Neuspanien (Mexiko) aus regiert, und im 18. Jahrhundert begann ein Handel mit Galeonen über den Pazifischen Ozean. In den Städten in der Nähe des Ozeans und während der nächsten drei Jahrhunderte kam es zu einigen Rebellionen und Gewalttätigkeiten, die auf eine gewisse Ungerechtigkeit der Regierung zurückzuführen waren.
1781 gründete Gouverneur José Basco y Vargas die Wirtschaftsgesellschaft der Freunde des Landes, um die Philippinen von Neuspanien unabhängig zu machen.
Das Land öffnete sich im 19. Jahrhundert. Der Aufstieg einer ehrgeizigen, nationalistischeren philippinischen Mittelschicht und der chinesischen Mestizengemeinschaft signalisierte das Ende des spanischen Kolonialismus auf den Inseln. Aufgeklärt durch die Propaganda-Bewegung über die Ungerechtigkeiten der spanischen Kolonialregierung, forderten sie die Unabhängigkeit. Jose Rizal, der berühmteste Propagandist, wurde 1896 wegen subversiver Handlungen verhaftet und hingerichtet. Bald darauf brach die philippinische Revolution aus, angeführt von den Katipunan, einer geheimen revolutionären Gesellschaft, die von Andres Bonifacio gegründet und später von Emilio Aguinaldo angeführt wurde. Der Revolution gelang es fast, die Spanier bis 1898 zu verdrängen.
Im selben Jahr kämpften Spanien und die Vereinigten Staaten den Spanisch-Amerikanischen Krieg, woraufhin Spanien die Philippinen für 20 Millionen US-Dollar an die Vereinigten Staaten abgab. Die Filipinos hatten zu diesem Zeitpunkt ihre Unabhängigkeit erklärt, und die Behauptung der amerikanischen Kontrolle führte zum philippinisch-amerikanischen Krieg, der offiziell 1901 endete, aber die Kämpfe dauerten bis weit in das Jahr 1913 hinein an. Zwischen 1899 und 1913 wurde der amerikanisch-philippinische Krieg geführt, etwa eine Million Filipinos und weit über 5500 amerikanische Soldaten (einschließlich Missionare und private Auftragnehmer, Militärfamilien) verloren ihr Leben, Zehntausende weitere wurden verwundet. Die meisten Todesopfer auf den Philippinen kamen durch Hunger, Verletzungen, Krankheiten und das Fehlen eines sauberen Lebens. Die Feindseligkeiten dauerten bis 1914 an, als den Philippinen die künftige Unabhängigkeit versprochen wurde.
Präsident William McKinley wurde vom Anarchisten Leon Czolgosz getötet, weil Czolgosz glaubte, Präsident McKinley sei gegen gut arbeitende Menschen, er hielt McKinley dafür verantwortlich, die Gründe für den Krieg zu verfälschen und einen illegalen, verheerenden Philippinenkrieg zu billigen und zu führen.
Das amerikanische Regime führte die englische Sprache als lingua franca auf den Inseln durch kostenlose öffentliche Bildung ein. Der Status des Landes wurde 1935 in den eines US-Commonwealth umgewandelt, der mehr Selbstverwaltung vorsah.
Die Unabhängigkeit wurde schließlich 1946, nach dem Zweiten Weltkrieg, gewährt. Die Jahre unmittelbar danach hatten viele Nachkriegsprobleme. Auch während der unbeliebten Diktatur von Ferdinand Marcos, der 1986 aus dem Präsidentenamt ausscheiden musste, waren die Menschen nicht glücklich. Später das anhaltende Problem des kommunistischen Aufstands und des Moro-Separatismus.
