Schweitzer war ein berühmter Organist und interessierte sich sehr für die Musik von Johann Sebastian Bach. Er entwickelte einen einfachen Vortragsstil, von dem er dachte, dass er dem, was Bach gemeint hatte, näher kam. Im Jahr 1908 stellte er die endgültige Fassung seines Buches "Johann Sebastian Bach" fertig. In dem Buch plädierte er für den neuen Stil, der großen Einfluss auf die Art und Weise hatte, wie heute mit Bachs Musik umgegangen wird.
Als Schweitzer in Lambarene war, bestand seine wichtigste Freizeitbeschäftigung darin, die Musik von Bach zu spielen. Er gab auch musikalische Darbietungen, um Geld für die medizinische Versorgung in Gabun zu sammeln.
Aufnahmen von Schweitzer, der die Musik von Bach spielt, sind auf CD erhältlich. Zwischen 1934 und 1935 hatte er eine Probeaufnahme für HMV an der Orgel der alten Queen's Hall in London. Mitte Dezember 1935 begann er mit Aufnahmen für Columbia Records an der Orgel von All-Hallows-by-the-Tower, Barking, London.