George Washington Parke Custis war der Enkel von Martha Washington und wuchs mit Martha und George Washington auf. Er erhielt 1802 das Land, das heute der Arlington Nationalfriedhof ist. Er begann mit dem Bau von Arlington House, wo er mit seiner Frau Mary Lee Fitzhugh Custis lebte. Das Land und das Haus wurde ihrem einzigen Kind, das erwachsen wurde, Mary Anna Custis Lee, geschenkt. Sie war mit Robert E. Lee verheiratet, einem Absolventen von West Point und Offizier der US-Armee. Als Fort Sumter zu Beginn des amerikanischen Bürgerkriegs gezwungen war, sich zu ergeben, bat Präsident Abraham Lincoln Lee, General der Bundesarmee zu werden. Lee gab nicht sofort eine Antwort, sondern wartete ab, ob sein Heimatstaat Virginia die Union verlassen würde.
Lee verließ die Bundesarmee, als Virginia sagte, dass sie die Vereinigten Staaten verlassen würde. Er entschied, dass er nicht gegen seinen Heimatstaat kämpfen könne. Er wurde der Führer der Streitkräfte des Commonwealth of Virginia. Dann wurde er Kommandant der Armee von Nordvirginia. Lee war ein großer Befehlshaber und gewann mehrere Schlachten gegen die Streitkräfte der Union. Die meisten Unionsoffiziere dachten, Lee habe seine Versprechen an die Union gebrochen, weil er sich entschieden hatte, gegen sie zu kämpfen. Ein Teil von Arlington wurde der Familie Lee weggenommen und zu einem Friedhof gemacht. Die meisten Union-Toten sind dort begraben.
Vor dem Bürgerkrieg gab es in den Vereinigten Staaten keine großen Militärfriedhöfe, die nur dem Militär vorbehalten waren. Wichtige Generäle wurden zusammen mit anderen wichtigen Führern auf dem Kongressfriedhof beigesetzt. Amerikanische Soldatenfriedhöfe wurden an weit entfernten Grenzen und in der Nähe von Schlachten und Krankenhäusern benötigt, wo viele Soldaten starben. Als tote Bürgerkriegssoldaten die Begräbnisstätten in der Nähe von Washington, D.C. füllten, schlug Quartiermeister General Montgomery C. Meigs 1864 vor, 200 Morgen (81 Hektar) des Robert E. Lee-Familienbesitzes in Arlington für einen Friedhof zu verwenden.
Während des Bürgerkriegs erfanden Menschen Tricks, um Amerikaner, die auf der anderen Seite des Krieges kämpften, gefangen zu nehmen oder ihnen das Leben schwer zu machen. Die Regierung veranschlagte Steuern auf Grundstücke und bestand darauf, dass die Eigentümer persönlich erschienen, um sie zu bezahlen. Wenn der Plantagenbesitzer nicht käme, würde die Regierung das Land verkaufen. Die Regierung kaufte Arlington beim Steuerverkauf 1864 für 26.800 Dollar. Frau Lee erschien nicht persönlich, sondern hatte vielmehr einen Agenten geschickt, um die für das Land geschuldeten 92,07 Dollar an Grundsteuern zu bezahlen. Die Regierung wies ihren Agenten ab und weigerte sich, die Steuerzahlung zu akzeptieren. 1874 verklagte Custis Lee, Erbe nach dem Testament seines Großvaters, der den Nachlass treuhänderisch auf seine Mutter übertrug, die Vereinigten Staaten auf Eigentum von Arlington. Nachdem der Oberste US-Gerichtshof in der Rechtssache Vereinigte Staaten gegen Lee mit 5:4 zu Lees Gunsten entschieden hatte und entschied, dass Arlington unrechtmäßig erworben wurde, gab der Kongress das Land an ihn zurück. Im folgenden Jahr verkaufte Custis Lee es für 150.000 Dollar an die Regierung zurück. Custis Lee und Robert Todd Lincoln, Kriegsminister und Sohn von Präsident Lincoln, waren beide anwesend, als das Land offiziell an die Regierung übergeben wurde.
Im Jahr 2011 zerstörte der Hurrikan Irene sechs große Bäume auf dem Friedhof. Die 220 Jahre alte "Arlington Oak" fiel in der Nähe des Grabes von John F. Kennedy um.
