Der Planet Krypton steht aufgrund eines instabilen Kerns vor der drohenden Zerstörung, und sein regierender Rat wird von dem Rebellen General Zod und seinen Anhängern bedroht. Der Wissenschaftler Jor-El und seine Frau Lara-El prägen heimlich einen genetischen Codex in die Zellen ihres neugeborenen Sohnes Kal-El ein und bringen ihn mit einem Raumschiff zur Erde, um die kryptonische Rasse zu erhalten. Nachdem Zod Jor-El ermordet hat, werden er und seine Anhänger in die Phantomzone verbannt, können aber fliehen, als Krypton explodiert. Der Säugling Kal-El landet auf der Erde in Smallville, Kansas, wo er vom Ehepaar Jonathan und Martha Kent entdeckt wird, die ihn Clark nennen und ihn als ihren Adoptivsohn aufziehen.
Clarks kryptonische Physiologie verleiht ihm auf der Erde übermenschliche Fähigkeiten. Der junge Clark lernt allmählich, die Fähigkeiten zu verfeinern, die ihm anfangs Verwirrung und Unbehagen bereiten. Jonathan enthüllt dem jugendlichen Clark, dass er ein Außerirdischer ist, und rät ihm, seine Kräfte nicht öffentlich einzusetzen, da er befürchtet, dass die Gesellschaft ihn ablehnen würde. Nach Jonathans Tod verbringt ein erwachsener Clark die nächsten Jahre damit, einen nomadischen Lebensstil zu führen und verschiedene Jobs unter falschen Namen auszuüben, um seine Spuren zu verwischen und seine Identität zu verbergen. Schließlich entdeckt er ein kryptonisches Kundschafterschiff mit einer Technologie, die es ihm erlaubt, mit dem Bewusstsein von Jor-El in Form eines Hologramms zu kommunizieren. Lois Lane, eine mit dem Pulitzer-Preis ausgezeichnete Journalistin des Daily Planet, entdeckt das Schiff ebenfalls, während sie einer Story nachgeht, und wird von Clark gerettet, als sie verletzt wird. Lois' Herausgeber Perry White lehnt ihre Geschichte über einen "übermenschlichen" Retter ab, so dass sie Clark mit der Absicht, ein Exposé zu schreiben, nach Smallville zurückverfolgt. Nachdem sie seine Geschichte gehört hat, beschließt sie, sein Geheimnis nicht preiszugeben.
Zod entdeckt das Aufklärungsschiff und reist zur Erde, wo er Kal-El auffordert, sich ihm zu ergeben, oder die Menschheit wird die Konsequenzen tragen. Clark willigt ein, sich dem US-Militär zu ergeben, das Lois und Clark an Zods Stellvertreterin, Faora, ausliefert. Zod enthüllt, dass er beabsichtigt, die Erde mit Hilfe einer Terraforming-"Weltenmaschine" in einen kryptonähnlichen Planeten zu verwandeln, die menschliche Bevölkerung auszurotten und den Codex zur Wiederbevölkerung des Planeten mit gentechnisch veränderten Kryptoniern zu nutzen. Nachdem Clark und Lois dem Schiff entkommen sind, besiegt Clark Faora und einen weiteren von Zods Handlangern in Smallville und überzeugt das Militär davon, dass er auf ihrer Seite steht. Zod setzt die Weltmaschine ein und leitet das Terraforming in Metropolis und über dem Indischen Ozean ein.
Clark, jetzt "Superman" genannt, stoppt den Weltmotor im Indischen Ozean. Das Militär benutzt das Raumschiff, das Superman in einem Luftschlag zur Erde gebracht hat, um ein Portal zu schaffen, das Zods Schiff und seine Crew in die Phantomzone zurückbringt. Nur Zod bleibt zurück, und er und Superman greifen sich gegenseitig an. Nach einem Kampf ist Superman gezwungen, Zod zu töten, um eine Gruppe unschuldiger Zivilisten zu retten, die Zod zu ermorden versucht. Superman beschließt, sich in die Gesellschaft einzufügen, indem er eine Brille trägt, sich sanftmütig benimmt und seine Identität als Clark Kent wieder annimmt. Er wird von White angeheuert, um als Reporter für den Daily Planet zu arbeiten.
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