Der Begriff "nationale Kirche" bezieht sich gewöhnlich auf eine kirchliche Organisation im Christentum, die die pastorale Gerichtsbarkeit über eine Nation beansprucht. Der Begriff sollte nicht mit einer etablierten Kirche (Staatskirche) verwechselt werden: Eine nationale Kirche unterscheidet sich von einer Staatskirche in der Weise, dass eine nationale Kirche nicht unbedingt offiziell vom Staat gebilligt werden muss und sogar von der Regierung verfolgt werden kann (da orthodoxe Kirchen unter kommunistischen Regimes verfolgt wurden).
Der Begriff "nationale Kirche" (oder "unabhängige Kirche") wird innerhalb der Anglikanischen Gemeinschaft und des orthodoxen Christentums häufig verwendet, aber nicht abgekürzt. Zum Beispiel betrachtet sich die Episkopalkirchein den Vereinigten Staaten von Amerika selbst als die nationale Kirche der Vereinigten Staaten.
Im Katholizismus könnte der Begriff "nationale Kirche" für eine Pfarrei stehen, die Einwanderer aus einer anderen Nation betreut.