Im Spätjura war dieses Gebiet ein Archipel am Rande des Tethys-Meeres. Dazu gehörten ruhige Lagunen, die nur begrenzten Zugang zum offenen Meer hatten, da sie von Korallenriffen umgeben waren. Der Wasserabfluss vom Land war gering, und unter der Sonne war die Verdunstung hoch. Der Salzgehalt stieg so stark an, dass die entstehende Sole, außer am oberen Ende der Wassersäule, das Leben nicht unterstützen konnte.
Das niedrigste Wasser war nicht nur sehr salzig, sondern auch hypoxisch: sehr sauerstoffarm. Dies wurde durch die mangelnde Durchmischung des Wassers verursacht. Viele gewöhnliche Aasfresser fehlten auf dem Lagunenboden. Aus dem Zustand des Wassers folgt, dass fast alle versteinerten Tiere nicht in der Lagune lebten. Sie müssen auf dem Land, in der Luft oder auf dem Meer jenseits des Riffs gelebt haben. Als sie dann starben, fielen sie von der Luft, vom Ozean oder vom Land in die Lagunen, trieben dort hin oder wurden dorthin gespült. Gelegentliche Stürme auf See hätten fliegende Tiere getötet und Fische in einer Suspension aus fein verteiltem Kalk über das Riff gefegt. Dort sanken die Leichen in die tote Zone und wurden konserviert.
In der Lagune angekommen, wurden die Leichen in weichem Karbonatschlamm begraben. Auf diese Weise vermieden viele empfindliche Lebewesen den Verzehr durch Aasfresser oder wurden von Strömungen auseinander gerissen. Die Flügel von Libellen, die Abdrücke von streunenden Federn und Landpflanzen, die in die Lagunen geschwemmt wurden, blieben alle erhalten.
"Die Vielfalt und Anzahl der bekannten Fossilien ist trügerisch. Das Vorkommen von Fossilien ist recht gering. In der Tat kann ein Arbeiter einen ganzen Tag lang Steinbrüche betreiben und nicht einen einzigen finden. Der jahrhundertelange Abbau ist es, der sie scheinbar so häufig vorkommen lässt".
Das Spektrum der fossilen Arten gibt ein umfassendes Bild eines lokalen jurassischen Ökosystems. Zeitweise trockneten die Lagunen fast aus und legten klebrige Karbonatschlämme frei, in denen Insekten und sogar einige kleine Dinosaurier gefangen waren. Es wurden über 600 Arten identifiziert. Sieben Gattungen und bis zu 29 Arten von Flugsauriern wurden gefunden. Dies deutet darauf hin, dass Pterosaurier in diesem Ökosystem häufiger und vielfältiger waren als Vögel. Die Größe der Pterosaurier reichte von der Größe eines Spatzen bis zu einer Länge von 1,2 m (4 ft).
Die feinkörnige Textur des Schlammschlammes, der den Kalkstein bildet, ist ideal für die Herstellung lithografischer Platten für den Illustrationsdruck. Umfangreiche Steinbrüche im 19. Jahrhundert brachten zahlreiche Fossilienfunde ans Tageslicht, an die mit dem Namen Archaeopteryx lithographica erinnert wird und von denen alle Exemplare aus diesen Lagerstätten stammen. Das den Solnhofener Bedingungen am nächsten liegende moderne Analogon soll das Orca-Becken im nördlichen Golf von Mexiko sein, obwohl dieses Gebiet viel tiefer liegt als die Solnhofener Lagunen.
